النهر الأفريقي الرئيسي هو نيلو، الذي يحمل الرقم القياسي لثاني أطول نهر في العالم. ولد في بوروندي وله رافدين رئيسيين ، النيل الأبيض والنيل الأزرق. الأول يعبر منطقة البحيرات الأفريقية الكبرى ، من رواندا ، مرورا بتنزانيا وأوغندا والسودان. والثاني يمر عبر إثيوبيا والسودان.
وفي محيط العاصمة السودانية الخرطوم، تلتقي القنوات ويبدأ الجزء الشمالي من النهر الذي يمر عبر السودان ومصر. اعتمدت الحضارة المصرية على مياه النهر في تطورها منذ العصور الفرعونية، وحتى اليوم تقع المدن الرئيسية في البلاد في وادي النيل، وتعتمد عليها في مشاريع الري مثل سد أسوان. يشكل فمه دلتا، حيث تترسب مياهه في البحر الأبيض المتوسط. يغطي حوضها الهيدروغرافي حوالي 10 ٪ من السطح الأفريقي.
يُعدّ نهر الكونغو ثاني أهم أنهار القارة ، إذ يمتدّ لأكثر من 4000 كيلومتر. وتتدفق مياهه وروافده عبر ثاني أكبر غابة استوائية مطيرة في العالم بعد غابة الأمازون. تقع برازافيل، عاصمة جمهورية الكونغو، وكينشاسا، عاصمة جمهورية الكونغو الديمقراطية، على ضفاف النهر، الذي يسهل الملاحة فيه، لا سيما في الجزء الواقع بين هاتين المدينتين. ويصبّ النهر في المحيط الأطلسي عبر مصبّ نهري.
يبلغ طول نهر النيجر في غرب أفريقيا أكثر من أربعة آلاف كيلومتر . ينبع من غينيا ويتدفق عبر مالي والنيجر وبنين ونيجيريا، ليصب في دلتا واسعة على المحيط الأطلسي. وهو صالح للملاحة في بعض المناطق، مما يجعله وسيلة نقل فعالة بين الدول التي يمر بها. باماكو، عاصمة مالي، هي جسر نهري فوق نهر النيجر.
يقع نهر زامبيزي في الجزء الجنوبي من القارة، ويبلغ طوله ما يزيد قليلاً عن 2500 كيلومتر . ينبع النهر من زامبيا، ويتدفق عبر أنغولا وزيمبابوي وموزمبيق، حيث يصب في المحيط الهندي، مُشكلاً دلتاً شاسعة. يتخلل مساره بين الحين والآخر منحدرات مائية وشلالات، مما يجعله صالحاً للملاحة في أجزاء قصيرة فقط. وتُعد شلالات فيكتوريا، أكبر شلالات العالم وموقع تراث عالمي لليونسكو، أبرز هذه العوائق. كما تُستخدم مياهه لتوليد الطاقة الكهرومائية.
في جنوب أفريقيا، يمر نهر ليمبوبو، الذي يبلغ طوله 1600 كيلومتر، عبر ذلك البلد وموزمبيق قبل أن يصب في النهاية في المحيط الهندي.